康熙皇帝一方面部署进攻金、厦，他批复由总督姚启圣精选的一万四千名水兵拨给万正色统领，并按照万正色的意图，增置援剿左、右、前、后四镇，任命从郑方投诚过来的林贤等为总兵，遣吏部郎中萨尔图协同巡抚吴兴祚速行修治战舰二百五十艘，又上谕江南总督阿席熙选拔熟练炮手二千名，一概送提督军前应用，不能耽误万正色出师日期。另一方面，康熙指示：“进取厦门、金门，事关重大。当日破贼，克金、厦二岛，曾用荷兰夹板船，今入海征剿，既乏坚固巨舰，荷兰舟师又不时至，战舰无多，遽以入海，恐变出万一，未能得志。”
议政王大臣等认为，前取金门、厦门既用荷兰兵船破“贼”,今亦应用荷兰国船兵合力举行，则有济大事，实为显然，请敕总督姚启圣、将军杨捷、巡抚吴兴祚、提督万正色等商议，倘若他们以为自己所备兵力能破敌人舟师，断无踪虞，真有灼见，可听从他们酌量而行“如少有疑虑，不可以前经具题，惮于更改，勉强从事”。康熙皇帝对此表示同意，于是敕令总督、巡抚、提督等会商定议奏闻。
总督姚启圣和提督杨捷主张待荷兰船到，一同进兵；巡抚吴兴祚、提督万正色力主不候荷兰船到，即行进兵，双方各执己见，反复争论。最后，巡抚吴兴祚上疏向康熙皇帝陈述了他与万正色的决意进兵的意见，他们具体地分析了双方形势，提出了作战的具体方案，表达了依靠自身力量，断可取胜的信心。康熙皇帝阅览了二人联名的奏章，满怀信心和喜悦，立即下令进兵。
