基督教舰队在勒班陀大胜的消息传来，整个欧洲陷入了沸腾的狂欢。在罗马，教皇庇护五世引用福音书中的语句盛赞唐·胡安的功绩——“上帝派来一位使者，他的名字叫胡安。”——并下令此后每年的10月7日为胜利女神节（Feast of Our Lady of Victories）（现为玫瑰夫人节）。然而这场大胜的喜悦很快便烟消云散了。土耳其海军迅速进行重建，而基督教联盟却仍在为舰队和奴隶的分配问题争吵不休。腓力二世自相矛盾的作战命令让唐·胡安进退失据，他不确定自己是否应该按照联盟原定计划继续进攻塞浦路斯，或是带领西班牙战船向西撤退。在墨西拿休整期间，这位王子陷入了深深的惆怅。与此同时，威尼斯人和土耳其苏丹迅速媾和，以确保克里特岛、科孚岛以及其他亚得里亚海沿岸威尼斯属地的安全。
1573年，腓力二世任命雷克森斯为低地国家执政官，有意为他接替唐·胡安的职位展开布局。雷克森斯既是一位老谋深算的外交家，也是一位主和派。然而在腓力二世的明令禁止之下，他未能与对手在宗教事务上达成任何妥协。此时，在唐·胡安的率领下，西班牙舰队已经兵不血刃地占领了突尼斯。这位查理五世的私生子立即恳请自己的哥哥腓力二世，赐予他突尼斯国王的王冠，但腓力二世却命令他立刻率舰队返回意大利。随着西班牙舰队的撤离，突尼斯再次回到土耳其人手中。直到1576年，雷克森斯去世之后，唐·胡安才终于获得了他朝思暮想的低地国家执政官头衔。彼时，腓力国王坚持叛乱分子必须无条件重新皈依天主教，因而就像诸位前任一样，唐·胡安在低地国家也难有任何政治作为。
