乔纳森1979年赴古巴出席不结盟国家首脑会议。随后，莱索托与古巴和苏联先后建交，武装部队对此持有异议，势力很大的天主教会也疏远了乔纳森政府。同期，乔纳森调整摆脱南非控制的对外政策，引起国内亲南非和西方的保守势力的不满。最使军方不能容忍的是，乔纳森在1985年1月19日举行的记者招待会上，公开说，如果西方国家不对莱索托空投救济物资以打破南非的经济封锁，他将求助于东方国家。乔纳森的这一系列言行，成为军方发动政变的导火线。8月，莱索托再次举行选举，却因乔纳森排斥反对派而流于形式，激起部分群众和反对派的愤怒，出现了骚动。
南非挑衅
莱索托在地理上完全处在南非领土的包围之中，长期受南非的控制。1984年，南非与莫桑比克签订了互不侵犯条约后，一直要求同莱索托签订“共同安全条约”，以阻止莱索托支持南非的黑人民族解放组织。南非还要求莱索托遣返1万多名支持“非国大”的南非难民。南非的要求被拒绝后恼羞成怒，处心积虑地破坏莱索托政局的稳定。1985年12月 20日，南非派遣突击队侵入莱索托首都马塞卢，打死9名南非黑人难民，公然践踏莱索托的国家主权。
