到了万历五年，居正父死，讣至京师。神宗手书宣慰，又饬中使视粥止哭，络绎道路，赙仪格外加厚，连两宫太后，亦有特赙，惟未曾谕留视事。时李幼孜已升任户部侍郎，欲媚居正，首倡夺情的议论。冯保与居正友善，亦愿他仍然在朝，可作外助，遂代为运动，传出中旨，令吏部尚书张瀚，往留居正。居正也恐退职以后，被人陷害，巴不得有旨慰留，但面子上似说不过去，只好疏请奔丧，暗中恰讽示张瀚，令他奏留居正。瀚佯作不知，且云：“首相奔丧，应予殊典，应由礼部拟奏，与吏部无涉。”居正闻言，很是忿恨。又浼冯保传旨，责瀚久不复命，失人臣礼，勒令致仕。于是一班趋炎附势的官员，陆续上本，请留首辅，奏中大意，无非把移孝作忠的套话，敷衍满纸。移孝作忠四字，岂是这般解法。居正再请终制，有旨不许。又请在官守制，不入朝堂，仍预机务，乃邀允准。连上朝都可免得，是居正死父，大是交运。居正得遂私情，仍然亲裁政务，与没事人一般。
会值日食告变，编修吴中行及检讨赵用贤、刑部员外郎艾穆、主事沈思孝等，应诏陈言，均说居正忘亲贪位，炀蔽圣聪，因干天变云云。居正得了此信，愤怒的了不得，当下通知冯保，教他入诉神宗，概加廷杖。大宗伯马自强，急至居正府第，密为营解。居正见了自强，略谈数语，便扑的跪下，带哭带语道：“公饶我！公饶我！”自强正答礼不迭，忽闻掌院学士王锡爵到来，居正竟踉跄起身，趋入丧次。锡爵径至丧次中，晤见居正，谈及吴、赵等上疏，致遭圣怒等事。居正淡淡的答道：“圣怒正不可测哩。”锡爵道：“圣怒亦无非为公。”语尚未讫，居正又跪倒地上，勃然道：“公来正好！快把我首级取去，免致得罪谏官！”一面又举手作刎颈状，并道：“你何不取出刀来？快杀我！快快杀我！”好似泼妇撒赖。锡爵不防到这一着，吓得倒退倒躲，一溜烟的逃出大门去了。马自强亦乘势逃去。隔了数日，吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝四人，同受廷杖。侍讲于慎行、田一俊、张伭、赵志皋，修撰习孔教、沈懋学等，具疏营救，俱被冯保搁住。进士邹元标，复上疏力谏，亦坐杖戍。南京御史朱鸿模，遥为谏阻，并斥为民。且诏谪吴、赵、艾、沈四人，吴中行、赵用贤即日出都，同僚相率观望，无一人敢去送行，只有经筵讲官许文穆赠中行玉杯一只，用贤犀杯一只，玉杯上镌着三语道：
