埃里克首先对丹麦企图控制厄勒海峡、通过斯康耐各省份和哥特兰岛一直到芬兰湾出口的野心给予还击。他又采纳了查理占领芬兰湾南岸的方案。如此一来，瑞典就可把取道芬兰口岸，特别是取道维堡的俄罗斯贸易掌握在手，并像丹麦在厄勒海峡那样，取得丰厚的关税。他还准备与俄罗斯联系，准许他去吞掉条顿骑士团，一直把矛头指向波兰。1561年埃里克使勒瓦尔、爱沙尼亚境内的一些地区承认瑞典的统治权。
埃里克的计划遭到大弟约翰的反对，他对波罗的海省份有很大的占有欲望。国王试图用强硬手段来限制约翰的权力，结果无效。约翰娶了波兰国王的妹妹卡特琳·雅杰朗尼加为妻，得到波兰的支持。然后他靠着岳父的援助夺取了爱沙尼亚以南几个要塞的控制权。兄弟之间意图不一致，导致了激烈的冲突。1563年，埃里克利用手中的王权将大弟送进了监狱，他的党羽都被杀死。这些人中有他的异母兄弟约翰的舅父及一些贵族和先王时代一些有名望的人。
埃里克无情地发挥着中央政府的权力，用来对付他不满的贵族阶级。他设置了王家高等法庭，只要国王怀疑大臣中有谁不忠就送去受审。对付丹麦的战事在紧张地进行着，国王渴望保持国内安定，因而镇压是十分严酷的，这一切导致了贵族对国王的仇恨，不满之语常被人传到国王的耳中。国王开始怀疑有人在进行阴谋叛乱活动。1567年，他将一批贵族送进高等法庭受审，并在当年５月把他们统统处死。
