摩加迪沙位于索马里南部，濒临印度洋.
索马里境内主要的河流谢贝利河（Webe Shebele，或又译为Webi Shibeli）在流至离印度洋岸约30公里的摩加迪休近郊时，剧烈地向西南转折后沿着平行于海岸线的方向，继续蔓延320公里之后才由朱巴河（R.Jubba）河口北部的沼泽区汇流出海.
虽然谢贝利河在每年二、三月时经常处于干枯无水的状态，但在其他季节时带来的水量，仍提供了摩加迪沙周遭地区足够的灌溉用水，而得以种植包括甘蔗、棉花与香蕉之类的作物.
地理上，摩加迪沙城市中心位于北纬2度4分，东经45度22分处，是非洲各大城中最东者. 城中著名的地标除了哈马温旧城（Hammawein Old Town）之外，巴卡拉市集（Bakara Market）因曾发生过著名的摩加迪沙之战（也就是电影《黑鹰坠落》中的主场景）而声名大噪. 除此之外，海滨的杰济拉海滩（Gezira Beach）曾一度是受欢迎的度假区，却因为长年的战乱而失去了其吸引力. 摩加迪沙港口摩加迪沙港口摩加迪沙城区摩加迪沙城区居民主要分为萨马勒和萨卜两大族系，官方语言为英语和索马里语. 摩加迪沙是一座有着1200多年历史的古老城市，是非洲人在非洲东部沿海最早的定居地之一. 摩加迪沙历史上曾用过5个不同的名称，如哈马、上加尼等. 哈马是索马里语中一种棕红颜色的名称，可能与当地的赤土有关.
