明皇朝统治各少数民族人民的原则，在边境采取放任政策，只要当地土司能够服从朝令，便听任其作威作福，世世相承，不加干涉；在内地则采取同化政策，例如派遣流官治理；开设道路驿站；选拔土司子弟到国子监读书，从而使其完粮纳税，服从征调，逐步加强统治，最后改建土司为皇朝直接治理的流官州县。
统治西北羌族的办法分两种：一种是用其酋长为卫所长官，世世承袭；一种因其土俗，建立寺院并赐僧侣封号，通过宗教治理当地人民。羌族的力量分化，兵力分散，西边的边防也就没有问题了。现在的西藏和四川西部，当时叫作乌斯藏和朵甘，居民信奉喇嘛教，僧侣兼管政事，明朝继承元朝制度，设立了军事统治机构，并封其长老为国师、法王，令其抚治人民，定期朝贡。又因西边各族人民对茶叶特别爱好，设立茶课司，用茶叶和他们交换马匹，入贡的赏赐也以茶叶和布匹为主。西边各少数民族的酋长、僧侣，为了入贡的赏赐和做买卖的收益，为了保持世代袭官和受封的权利，都认为维持这种关系有好处，相安无事。明朝将近三百年间，西边边防比较平静，没有发生什么大规模的战争。
对蒙古、色目人，继续贯彻北伐檄文中所提出的“愿为臣民者，与中夏之人抚养无异”的政策，蒙古、色目的官吏和汉人同样进用，在朝廷有做到尚书、侍郎的，在地方做知府、知县、临民办事的。在军队里就更多了，甚至在亲军中也有蒙古军队和军官。由朝廷编置勘合(有骑缝印的执照),赐予汉人姓名，和汉人一无分别。婚姻法令方面，准许和汉人通婚，务要两厢情愿，如汉人不愿，许其同族自相嫁娶。这样，这些居住内地的蒙古、色目人，经过几代，都同化了，其中有几十家军人世家，好几代都做将军，立了功。
