上任后，熊廷弼继续坚持他原来的防御战略，以时间换取空间。但矛盾随之而来。
他在京师时，就向朝廷求兵、求饷，结果到出发时，仍无一着落。这让他的计划实施陷入被动，用他的话来说，“持空拳而与贼搏”，我没有这个本事，相信也没有哪一个大臣有这个本事。
明朝的财政困境此时暴露无遗。加上四川发生奢崇明叛乱，朝廷分身不暇。首辅叶向高正好趁此哭穷，说这些年来为了辽事不断加饷，民力早已困竭，再拖下去，内乱恐怕要比边事更棘手了。
与熊廷弼搭档出任辽东巡抚的王化贞，不仅积极主战，还向朝廷传递了一个信号：让我来，不给钱也能打胜仗。
好了伤疤忘了疼，袁应泰的教训不远，但朝中大佬一听到经济廉价的方案，就很来劲。而且，王化贞是首辅叶向高的旧日门生，又得到兵部尚书张鹤鸣的赞助。
这样，熊廷弼虽为辽东经略，却陷入手中无兵、徒有其名的境地。王化贞则独率大军，驻守广宁，被朝廷寄予厚望。二人观点对立，酿成明朝史上著名的经抚矛盾。
天启二年（1622年），五月。正当兵部尚书张鹤鸣奏请撤掉熊廷弼，而王化贞则高喊秋天即可听捷报的时候，努尔哈赤亲率五万大军，渡过辽河，轻松拿下辽西重镇广宁。王化贞仓皇往山海关方向逃窜，途中，遇到率兵前来救援的熊廷弼，痛哭流涕。熊廷弼讥笑他说，说好的六万大军一举荡平辽阳呢？说罢，熊廷弼带兵殿后，护送溃散的军民撤到山海关。
