“回乱”是起于西南，而蔓延于西北的。一八五五年，因临安汉回的冲突，渐至蔓延。永昌的回民杜文秀，就起兵占据大理。回酋马德新，则居省城，挟巡抚徐之铭为傀儡。之铭亦挟回以自重。清朝所派的督抚，不能到任的很多。后来布政使岑毓英，结回将马如龙为援。先定省城。次平迤东，诛叛酋马连陞。清朝即用为巡抚，直到一八七二年，才把大理克复，云南全省打定。总计其始末，也有十八年了。但还是限于一隅的。至西北则事变更形扩大。
西北的“回乱”，是起于一八六二年的。先是陕西募回勇设防。及是年，太平天国的陈得才，合捻党以入武关。回勇溃散。有和汉人冲突的。彼此聚众相仇。而云南叛回任五，此时匿居渭南，遂诱之为乱。清朝派胜保剿办，无功。赐自尽，改派多隆阿。回众被驱入甘肃。于是固原、平凉和宁夏一带，“回乱”大炽。回酋马化龙，居金积堡；白彦虎居董志原，为其首领，陕西北部的游勇、土匪，亦都由叛回接济，到处糜烂。叛回又派遣徒党，四出招诱。于是回酋妥得璘，以一八六四年，据乌鲁木齐。旋陷吐鲁番。据南路八城。至一八六六年，遂陷伊犁和塔尔巴哈台。其时汉人亦有起兵自卫的，以徐学功为最强。而浩罕又把兵借给张格尔的儿子布苏格，令其入据喀什噶尔。一八六七年，布苏格为浩罕之将阿古柏帕夏所废。自称喀什噶尔汗。和徐学功连和。合攻乌鲁木齐，妥得璘走死。地皆入于阿古柏。于是阿古柏想联合回教徒，在中、英、俄三国之间，建立一国。因徐学功的内附，介之以求封册，而通使于英、俄和土耳其。先是伊犁危急时，将军明绪、荣全，都想借助于俄。俄人卒未之应。[1]及阿古柏陷北路后，俄人因与回众冲突，于一八七一年，占据伊犁。然仍与阿古柏订立《商约》。英人则更想扶助之以拒俄。英国的公使，亦替他向中国代求封册。
