随着变法运动的高涨，以慈禧为首的顽固派与维新派的矛盾也日益尖锐。
1898年9月28日，慈禧太后下令杀死谭嗣同、康广仁、刘光第、林旭、杨锐、杨深秀六人，他们被称为“戊戌六君子”。
张之洞不但镇压维新运动，对其大肆攻击，还为了取悦西太后，主动抓捕康、梁等人。清廷在康、梁逃往日本后，电告驻日公使李盛铎，叫他秘密捉拿康、梁，并派人借口考察商务赴日行刺。张之洞见了日本领事小田切，请求协助缉捕康、梁，张之洞的要求没有得到日本的同意。于是张之洞想派张斯洵去行刺，以致引起日本政府抗议。
张之洞在戊戌政变时期的这种做法极大破坏了自己的声誉。但是，他却曾为营救自己的“得意门生”杨锐而不辞奔波。
九月二十一日，慈禧再次“训政”。二十四日，杨锐被捕，关在了刑部大牢。张之洞知道后，急电盛宣怀，请顺天府尹夔龙及户部尚书、协力大学士王之韶营救杨锐。同时他致电在北京的湖北按察使，提出杨锐是由湖南巡抚陈宝箴保荐，“与康没有关系”；在给瞿鸿的电文中，请他找王文韶、刚毅帮忙。在二十七日晚，他还致电在天津的荣禄，表示要亲自为杨锐作保。但是，刚毅由于杨锐说他昏愎无知，而且阻挠变法导致没有成功，反而在慈禧面前鼓煽：“此辈多杀几个何惜？”西太后异常地厌恶变法，对“康党”势不两立。二十八日，她就将被捕的谭嗣同、康广仁、刘光第、林旭、杨锐、杨深秀六人在北京菜市口处死，史称“戊戌六君子”。
