东林党及其后来的继承者复社士子们在进入帝国政治体制后难以避免的命运，连他们自己都很难避免被血腥体制吞噬的悲剧。比如东林巨擘钱谦益，复社领袖张溥。体制吞噬他们，他们也借助体制吞噬其他异见者。比如东林党人张问达对于李贽的陷害和迫害。
反而是那些未能通过科举或者因为帝国覆灭而沦为遗民的复社士子，在未能跻身政治统治序列后，专心著述成为学者的思想家们看得透彻。如明末清初顾炎武、王夫之、黄宗羲三大思想家，均为复社早期成员，明亡后一直坚持抗清，即使面临满清当局的拉拢引诱而拒不屈服，坚决不仕清朝，拒绝进入体制为统治者服务。是他们对于专制体制进行了更加猛烈的抨击和批判，黄宗羲被誉为中国的民主之父。
复社早期成员顾炎武、王夫之、夏允彝对于复社介入政治以后的作为，和某些人的腐败堕落，都有沉痛的反思和剀切的批评。比如钱谦益和吴昌时早年都是东林和复社骨干他们在政治上的无耻堕落与温体仁、薛国观、周延儒等人无异，这是进入了那个政治同构体的必然选择。复社入仕的许誉卿所言甚是；
予惟学士大夫半生穷经，一旦逢年，名利婴情，入则问舍求田，出则养交持禄，其对经济一途蔑如也，国家卒有缓急，安所持哉？
顾炎武曾经尖锐指出：士子为学应当勤奋和多方交友，起码也得博学而审问之。在研究学问时，士子必须杜绝清谈心性的蹈空习性，应该“博学于文”。礼义廉耻四者之中，耻尤其重要：
