后来王莽篡汉，西域都护府便被废置，即便是光武帝刘秀重新建立东汉，这西域都护府依旧被闲置，仿佛所有人都忘了一般。
在这段时间之内，北匈奴占领西域，屡次寇边大汉，起了不少的冲突。
或许是北匈奴太过暴烈，只知索取，后来西域十八国，包括如今被张扬所吞并的精绝、车师等国联名向大汉请求复立都护府。
这个时候，光武帝刘秀已经驾鹤西去，在位的皇帝是他的儿子刘肇，是为汉和帝。
刘肇接受了十八国的质子，然后以班超率军前往西域，为西域都护。
别看提起班超都说他三十六骑平定西域，这说的是他能力高强，可不是说他只有三十六骑。后来班超平定西域，深觉乌垒城的位置不好，便将西域都护府向西迁徙，定在了它乾城，用来震慑西域诸国。
不过这个西域都护府只存在了二十六年，随着班超年老，回转洛阳之后，西域发生暴乱，从此便没有了西域都护这一职位。虽然后来班超之子班勇再次平定西域，但这个职位便一直空缺了下来。
这也是为什么后来的王渊只称西域都护府长史，治所也定在高昌壁，因为不管是乌垒城还是它乾城，王渊都不敢去，只能在高昌壁勉力支撑，算是大汉在西域的最后一块遮羞布。
