13日，段祺瑞又任命徐树铮为国务院秘书长，袁世凯在世时未能同意段祺瑞的两件事，段祺瑞终于在他死后迅速完成。同日，广东都督龙济光电达中央，称广东已于本月9日取消独立，而段祺瑞给龙济光的评价也非常高，说他“具有世界眼光，急谋统一，热诚爱国，深堪嘉慰”。19日，段祺瑞又下令裁撤京畿军政执法处，这是袁世凯仿效古代所设立的特务机构，也最为各方所痛恨。
黎元洪这个人，原本是个各方都不讨好的人：北洋系的人看来，他没有什么功勋，实在不值得拥戴；国民党人看来，黎元洪多次叛变革命，是个势利的伪君子。但是，黎元洪身上也有优点，而且在此时显得尤为重要，他在做人方面占了优势，谁也不得罪，夹在中间做个老好人，加上他又是副总统，顺理成章就继任总统。黎元洪就职以后，又如同辛亥革命时被选为鄂军大都督一样，不论大小事情均没有决定权，能做的事情也就是在公文上签字盖章，完全成了段祺瑞的政治傀儡。
但是让黎元洪当上总统以后，麻烦的事情还没有结束，《约法》的问题仍然没有得到妥善解决。因为当时有两个《约法》，一个是公布于民国元年（1912年）的旧《约法》，一个是制定于民国三年（1914年）的新《约法》。在6月10日，西南军务院抚军长唐继尧曾通电提出四大条件，分别是恢复旧《约法》、解散旧政府、惩办帝制祸首、议决善后军事问题。西南军务院的通电发出以后，上海的唐绍仪、梁启超、伍廷芳等联名通电呼应，而国会议员谷钟秀、孙洪伊等在上海登报召集议员自行集会拥护新《约法》，新旧《约法》之争迅速在全国蔓延开。
