对方以智学术成就评价最高的要算侯外庐先生，早在一九五七年，侯外庐就以《方以智——中国的百科全书派大哲学家》为题，对方以智思想进行了较全面的研究，认为“他的哲学和王船山的哲学是同时代的大旗，是中国十七世纪时代精神的重要的侧面”。后来，此文收入侯外庐主编的《中国思想通史》（第四卷下），但对以前的结论略有修正，认为由于历史的原因，“方以智的思想还没有条件借以走上法国‘百科全书’派的典型途径”，但仍坚持方以智是“东林——复社人物在理论上的总结者”。在1962年出版的《东西均》序言中，侯外庐重申了方以智是时代“大旗”的论断。然冒怀辛等认为“1962年中华书局版《东西均》序言中对方以智估价过高，值得研讨”[3]。唐明邦先生多重方以智的自然科学成就与会通西学的方法，认为方以智在自然科学方面可以与同时代的李时珍、徐光启、宋应星、徐宏祖并举[4]。庞朴、郭齐勇等教授则将方以智与顾、黄、王并列，认为他们同为明末清初的佼佼者。
（二）关于方以智的学术归宗
当时，方以智身边的亲人好友对他的学术宗旨就有诸多不同的看法，时至今日，更是仁者见仁、智者见智，无法形成统一的认识。
