雅典人的成功，与阿克比亚德斯的统帅不无关系。他也因此在公元前407年当选为将军，并在6月回到雅典。雅典人赦免了他所有的罪过，并选举他为拥有全权的将军，统帅海陆两路军队。但他给雅典造成的伤害实在太大，很多雅典人并未完全信任他。另一方面，波斯大王终于下定决心全力支持斯巴达，派其幼子居鲁士出任小亚细亚总督，提供斯巴达人所需要的一切，阿克比亚德斯要想取得军事成功，显然比以前面临着更多的困难。
公元前407年10月，阿克比亚德斯统帅100艘战船、1500名重装兵和150名骑兵出发，目标是夺回伊奥尼亚。此时统帅斯巴达水师的是吕山德，他借斯巴达国王阿吉斯及其弟亚偈西劳之助爬上高位，既富有个人野心，又具有军事才能。与一般斯巴达公民不同，他出身卑微，依靠逢迎讨好斯巴达显贵而逐渐取得权力。在与居鲁士的谈判中，他的顺从深得年仅17岁的王子的欢心。居鲁士答应给斯巴达水师水手每天4奥波尔的薪金（比雅典多1奥波尔），并提前支付1个月的薪水。吕山德利用公元前407年夏季的时间，在以弗所训练水师。时间对阿克比亚德斯十分不利，因为吕山德利用波斯大王的金钱，不断建造新船，阿克比亚德斯不仅难有新船补充，而且其经费困难。有些招募来的水手还跑到斯巴达方面去了。在与吕山德对峙4个月后，阿克比亚德斯有事外出，将雅典全军委托给他的舵手指挥，吩咐他谨守港口，不得出战。后者却自作主张，让雅典水师以混乱队形出现在斯巴达人面前，结果被吕山德偷袭，损失22条战船。雅典失望之余，罢免了阿克比亚德斯的职务，以科农代之。阿克比亚德斯知道他从此再无出头机会，在放下指挥权后到了克尔松奈斯，那里有他早已准备好的避难地。
