1946年初的头几个月,监狱审问室几乎每天都在进行审问。东条英机接受特别检查团审问51次,合计124个小时。1946年4月底,为正式开庭公审的准备工作已经完毕。被指名控告的有28人,受审判的根据是以前的18年中(1928年1月1日到1945年9月2日)日本帝国主义所犯的累累侵略罪行。战犯们被分为“反对和平罪”、“杀人罪”、“通常的战争犯罪及反对人道罪”三个大组,对这三大类战犯的起诉根据共有55页。远东国际军事法庭由与日本处于交战状态的各国代表11人组成,专门负责审理日本战犯的工作。
1946年5月3日,举行第一次公审。战犯们绝大部分都不承认自己曾参加策划过的侵略阴谋及具体活动;而东条英机则与众不同,他对自己进行的一切活动承认全部责任,没有缩小自己参加的决定和行动的重要性。但是,东条英机并不认罪,相反却认为那些侵略行动是必要的和不可避免的。东条英机在法庭上供述说:“日本的大东亚政策,是由于第一次世界大战后,随着世界经济的集团化,有必要谋求近邻相互间的经济合作而提倡的。后来由于东亚的赤化和中国的排日政策,爆发了中国事变。由于美、英、苏的直接或间接的援蒋行为,形势日趋恶化,为了对抗美、英的对日压迫,日本终于不得不采取自卫行为。”这正是日本法西斯强盗们的逻辑。