他这种办法自然引起许多仇恨,而他如果没有教皇们底维护,他将一刻也抵挡不住那些怨毒的攻击。因此,当于勒三世崩后,赛维尼主教登极承继皇位的时候,他差不多要离开罗马了。但新任教皇马赛二世登位不久即崩,保尔四世承继了他。最高的保护重新确定之后,弥盖朗琪罗继续奋斗下去。他以为如果放弃了作品,他的名誉会破产,他的灵魂会堕落。他说:
“我是不由自主地被任作这件事情的。八年以来,在烦恼与疲劳中间,我徒然挣扎。此刻,建筑工程已有相当的进展,可以开始造穹窿的时候,若我离开罗马,定将使作品功亏一篑:这将是我的大耻辱,亦将是我灵魂底大罪孽。”
他的敌人们丝毫不退让;而这种斗争,有时竟是悲剧的。一五六三年,在圣比哀尔工程中,对于弥盖朗琪罗最忠诚的一个助手,迦太(Pier Luigi Gaeta)被抓去下狱,诬告他窃盗;他的工程总管赛沙尔(Cesare da Casteldurante)又被人剌死了。弥盖朗琪罗为报复起见,便任命迦太代替了赛沙尔底职位。行政委员会把迦太赶走,任命了弥盖朗琪罗底敌人拿尼·第·摆几沃·皮琪沃。弥盖朗琪罗大怒,不到圣比哀尔视事了。于是人家散放流言,说他辞职了;而委员会迅又委任拿尼去代替他,拿尼亦居然立刻做起主人来。他想以种种方法使这八十八岁的病危的老人灰心。可是他不识得他的敌人。弥盖朗琪罗立刻去见教皇;他威吓说如果不替他主张公道他将离开罗马。他坚持要作一个新的侦查,证明拿尼底无能与谎言,把他驱逐。这是一五六三年九月,他逝世前四个月底事情。——这样,直到他一生底最后阶段,他还须和嫉妒与怨恨争斗。