武则天看了法司处治徐有功的奏章,召见徐有功而责问道:“您过去所断的案子,为什么失误这样多呢?对犯人那样宽容呢?”徐有功回答道:“出现失误,是我的小过失,最多惩罚我一个人;保全了人的性命,是圣人的大德,那是为陛下积德啊!希望陛下弘扬好生之大德,那么天下人就非常幸运了。”
武则天听了徐有功的话,立即有所醒悟,也感到多年以来执法过于严酷,杀人确实过多,因此沉默了好久没有说话。后来,庞氏免去死刑,流放到岭南地区,徐有功被除名,贬为庶人。
不久,徐有功又被起用,任左司郎中,后又升任司刑少卿。徐有功对亲近的人说:“现在身为大理司刑少卿,手中掌握的案件都关系着人命,一定不能不顾实情而顺从皇上的旨意,以诡辩之辞苟且保全性命,苟且保全官职。”所以前后任刑官,而谏阻被错判死刑之人的判决执行,即使有时三次经朝议判定死刑,徐有功仍坚持谏阻,不屈不挠。因此,酷吏的暴虐之行稍有些收敛,当时的人们把徐有功比作汉朝秉公执法刚正不阿的于定国、张释之。人们都说:“若审案的官员都像徐有功这样,哪里还会有冤案呢?”
过了很久,徐有功又调任司仆少卿。长安二年(公元702年),徐有功去世,终年六十二岁,追赠司刑卿。中宗即位,降旨褒奖徐有功道:“忠正之臣,自古所尚;褒赠之典,归章所重。已故大理卿徐有功,节操贞劲,心怀耿直,徇古人之志业,实一代之贤良,掌握刑典,深存敬慎。周兴、来俊臣等人,性极残酷,务在杀戮,不顺其情,立加诬陷,徐有功卓然守法,虽死不移,无屈挠之心,有忠烈之议。由他所断之案,都得到平反,即使汉朝的于定国、张释之,又哪里能超过他啊!我重新执政,追念他生前的事迹,其人已殁,他的品德值得称赞。追赠徐有功为越州刺史,并遣使者就其家吊祭,赐丝绸百匹,授予他的儿子官职,以资褒奖。”