抗战开始,由他的学生(那时他们得力于学生中的共产党员,有的已从监狱解放出来,同在上海进行地下活动的学生一起)在上海成立“战时教育社”,依照陶行知的教育思想开展战时教育,编辑出版《战时教育》、《战时儿童》期刊,由生活书店出版,还编辑出版《战时课本》四册,战时课本新指导书两册,供应全国中小学、民众、军队教学使用。接着又为生活书店编著“抗战建国读本”16册,供全国中小学使用,发行量很大,作用很大。1939年,由《战时教育》改的《生活教育》仍在重庆出版,根据1938年生活教育社的需要作为社的期刊。1938年在武汉成立了“抗战教育研究会”,1939年在重庆发展为全国性抗战教育研究会从事抗战教育工作。1941年皖南事变后,大批陶行知的学生、朋友,许多旅行团、孩子剧团转入华中苏北、华北敌后解放区工作,在那里以陶行知教育思想办教育,办了中学、小学、师范、职中、教育学院、建设大学,为抗战和建国培养了大批人才。
1945年日本投降,抗战胜利,我们党提出建设民主共和国的主张,全国掀起民主运动。陶行知先生依照他的教育思想,也进入民主教育运动时期,在重庆首创“社会大学”,一是为了没有条件进国民党办的大学的青年学习大学知能创造条件,一是以社会大学为阵地宣传民主,反对独裁,反对蒋介石独吞抗战胜利果实。而蒋介石利用他们权力和美国的支持,大兴反共反人民反民主,也反民主教育。陶先生就在这时候被迫害而去世。