庞培在元老院贵族的支持下,一度占了上风。公元前49年1月1日的元老院会议上通过了决议,要恺撒立即卸任,否则就被宣布为祖国的敌人。恺撒的拥护者、保民官安东尼和克文杜斯·卡西马斯则对此行使了否决权,但受到了元老院贵族的侮辱。1月7日,元老院宣布共和国危急,并让庞培在意大利招募军队,形势非常紧张,安东尼和卡西马斯化装成奴隶逃出罗马,到恺撒所在的山南高卢报告了罗马的情况。
当时,恺撒的大部分军队驻在山北高卢,他身边只有一个军团和一些辅助部队,但是为了抓住时机,他还是决定出兵。1月10日,他率领军队渡过了意大利和高卢之间的界河卢比孔诃,赶在行动迟缓的庞培之前,以迅雷不及掩耳之势向罗马突进。他进军的借口是维护被侮辱的保民官。庞培果然猝不及防,只得逃出了罗马。恺撒进入罗马之后,并没有对那些政敌进行迫害,而是实行了怀柔政策,无条件释放了俘虏。他的士兵在城里也没有进行劫掠。这样,就使罗马的政治生活很快恢复,并且赢得了一部分元老贵族和骑士的好感,逃亡的人也陆续回城。
但是,庞培还有着众多的部下,他在巴尔干半岛聚集了一支大军,西班牙也有他的七个军团。恺撒仍然面临着严峻的形势。公元前49年秋天,他首先进军西班牙,经过40天的艰苦战斗,恺撒终于包围了敌军的营寨,截断了水源,迫使庞培的两员部将投降。