在京期间,施琅一面继续上疏征台,争取康熙帝的支持;一面广交朝中大臣,争取他们对武力统一台湾事业的理解和支持。这一去就在京城待了十四年,直到康熙二十二年(1683年)六月中旬才重返福建前线统兵准备收复台湾。
清廷在打破“海禁”,实施安抚和剿灭并举的同时,大幅度调整了对于投降人员优抚政策。一大批有经验的水军官兵进入清廷水师序列,清廷一律给予重用。可以说以施琅为海军提督的主要将领兵员都来自于原来郑芝龙、郑成功所训练的水师,海上作战能力大大加强,为最终武力收复台湾奠定了强大的军事基础。这一点乃是康熙大帝“以郑军收拾郑军”政策的巨大成功,也体现了祖国统一大业的巨大感召力。
清廷对于台湾投诚官兵都给予适当的安置与任用。实授郑鸣俊遵义侯、郑绪昌慕恩伯,同来其余大小文武官亦分别授职。其都督、总兵、副将、参将、游击等均任原职,并“给予全俸,赏赉有差”。有的降将仍在前线领兵打仗。如康熙五年(1666年)十一月,以投诚左都督杨富为浙江水师右路总兵官。投诚武官中有人适合并愿意为文职者,康熙特允兵部提请,令该地方督抚察明具体酌用。凡郑氏亲属来降者,予以优待。郑成功亲弟弟左都督郑世袭投降后,不仅授予精奇尼哈番世职给全俸,而且特殊给还郑芝龙已经入官变卖的家产。