崇实致用的精神还表现于对自然科学探索的实践中。晚明是中国传统科学技术进行大总结的时期，出现了一批杰出的学者和划时代的巨著，如李时珍的《本草纲目》、朱载堉的《乐律全书》、徐光启的《农政全书》、徐弘祖的《徐霞客游记》、宋应星的《天工开物》等，都是对某一领域的传统科技进行系统总结，成绩卓著。
晚明崇实学风的提倡，西学东渐，使自然科学开始由冷落转向复兴。而西学的流播，又使晚明的实学思潮显示出一种新的时代精神的萌动。徐光启曾在《刻同文算指序》中比较西学与宋明理学，以为前者“时时及于理数，其言道言理，既皆返本蹠实”，而后者不过是一些“虚玄幻妄之说”，他还一再称赞西学“一一皆精实典要，洞无可疑”，因此他将介绍传播西学作为挽救时艰、富国强兵的一项重要内容。王徵译绘刊刻邓玉函的《奇器图说》时，有人责问他：“吾子向刻《西儒耳目资》，犹可谓文人学士所不废也。今兹所录，特工匠技艺流耳，君子不器，子何敝焉于斯？”王徵明确回答：“学问不问精粗，总期有济于世，人亦不问中西，总期不违于天。兹所录者，虽属技艺末务，而实有益于民生日用，国家兴作甚急也！”[32]从王徵的回答中，我们不仅可以看到实学思潮的涌动，而且可以看到两种文化的奇遇，对传统实学的突破。
