但是,托马斯·阿奎那对经院哲学的改造,并没有统一基督教内部的思想,他的主张在他生前也没有被全体教会所采纳,反而遭到反对派强烈地批评和指责。是拥护还是反对托马斯·阿奎那的思想,在他在世时一直成为基督教内部争论和斗争的焦点。托马斯·阿奎那去世后,这种斗争更为激烈,他的学说一度与阿威罗伊学派一道被看成是异端邪说。1277年,在纪念托马斯·阿奎那逝世3周年的日子里,巴黎大学的神学院教授举行会议,谴责亚里士多德主义,并禁止讲授托马斯·阿奎那的一些观点。1279年,法兰西斯学派的威廉写了《纠正托马斯》一书,对托马斯·阿奎那《神学大全》的许多观点进行了批判。法兰西斯修会还召开大会号召全体成员批判托马斯·阿奎那的思想。与此同时,拥护托马斯·阿奎那的多米尼克修会针锋相对,多次召开大会,宣布托马斯·阿奎那的思想是正确的,主张以托马斯·阿奎那的思想为学术研究的指南。一些教士还著书立说,论证托马斯·阿奎那哲学思想的内在价值,反击反对派的进攻,使得托马斯·阿奎那的思想又引起人们的关注。
基督教的发展总是需要以一定的思想权威为精神支柱的。罗马教廷在权衡利弊后,最后确立了托马斯·阿奎那思想的正统地位。1323年,教皇约翰二十二世册封托马斯·阿奎那为圣徒,肯定“托马斯·阿奎那著作的每一章节都包含无比的力量”,“托马斯·阿奎那的学说是无与伦比的”。托马斯·阿奎那还被授予“天使博士”的称号。14世纪中叶以后,托马斯·阿奎那的思想成为经院哲学的核心,许多大学纷纷以研究和传播托马斯·阿奎那的哲学为荣,使托马斯主义达到了全盛。宗教改革时期,教皇试图通过复兴托马斯·阿奎那的思想权威,以重振基督教事业。16世纪中期,天主教主教会议规定托马斯主义为天主教会正统学说。19世纪后期,教廷为使天主教适应现代社会思潮,再次号召复兴托马斯主义。自此,以托马斯主义为基础的新经院哲学兴起,新托马斯主义成为20世纪西方哲学的重要流派之一。