在《论衡》里,王充根据当时科学认识的水平,对当时社会流行的神仙、鬼怪、迷信也进行了严厉的批判。王充说,人是物,即使贵为王侯,本性跟物也没有差异。既然物没有不死灭的,那么人怎么就能够成神、成仙长生不死呢?物死了不为鬼,人死了为什么会独能为鬼?人死了,精气消灭,血脉枯竭,形体腐朽,成为灰土,哪里来的鬼呢?他还拿睡着了的人作例,来驳斥那种“人死为鬼,有知,能害人”的谬说。他说:睡着了的人尽管躯体精神都在,但由于暂时没有知觉,自然也就不能害人。死人的精神、形体都灭亡了,又怎么能够为害于人呢?可见“人死不为鬼,无知,不能害人”,道理原是很明显的。像这种无鬼的理论和神灭的思想,能在当时那种迷信空气十分浓厚的情况下提出来,的确很了不起。
此外,在《论衡》里,有《书虚》《儒增》《问孔》《刺孟》等篇。《书虚》和《儒增》明白地指出,包括经、传、纬书在内的许多书籍,记载有很多地方不符事实。《问孔》篇认为孔子的话多前后矛盾。《刺孟》篇指责孟子的行为前后不同,始终不一,对于孟子所说的“五百年必有王者兴”的话,还特别依据古史加以驳斥。像这种对封建统治者捧为“圣贤”的孔孟的大胆怀疑与批判,在封建社会是很难得的,是需要极大勇气的。